Да. В программе можно сформировать книги покупок и продаж и оценить сумму НДС по проведенным в программе торговым операциям. В дальнейшем данные из торговой системы можно выгрузить в бухгалтерскую программу и на основе этих данных и данных бухгалтерской программы произвести полный расчет НДС по всем операциям.