Прежде всего следует установить причину возникновения отрицательных остатков.

Если это связано с пересортицей, то следует провести инвентаризацию товаров и оформить соответствующие документы списания и оприходования товаров.

Если это связано с неправильным указанием характеристик и серий товаров (приняли товар с одной характеристикой (серией), а отгрузили с другой) , то для корректировки следует использовать документ Корректировка серий и характеристик товаров. Информацию о наличии отрицательных остатков по конкретным товарам следует расследовать с помощью отчета Ведомость по партиям товаров.

Отрицательные остатки могут возникать и в том случае, если товар покупали от имени одной организации, а продавали от имени другой организации. Перед переносом данных в бухгалтерию следует откорректировать эту ситуацию. Для этого в программе необходимо оформить передачу товаров между организациями.

В программе существует возможность автоматического оформления документов передачи с помощью обработки Пакетный ввод документов. Более подробно об этом можно прочитать в книге Описание конфигурации , раздел Взаимодействие с бухгалтерией - Перемещение товаров между организациями.