Позволяет ли программа учитывать операции, связанные с применение ставки НДС 0%?

Да. В "1С:Бухгалтерии 8" автоматизирован учет НДС по приобретенным товарам, реализуемым с применением нулевой ставки НДС. Автоматизировано отражение подтверждения ставки НДС 0%, в случае неподтверждения начисляется НДС к уплате в бюджет. Вычеты по приобретенным ценностям не производятся до момента подтверждения либо неподтверждения правомерности применения нулевой ставки НДС по операциям реализации. Суммы НДС по косвенным расходам в соответствии со ст.170 НК РФ могут быть распределены по операциям реализации, облагаемым НДС, не облагаемым НДС, либо облагаемым НДС по ставке 0%. В состав форм регламентированной отчетности включена налоговая декларация по НДС по ставке 0%.