Да, можно. Для этого в программе применяется работа по ордерной схеме. В момент отгрузки товара с одного склада оформляется документ Расходный ордер на товары, а при приеме товаров на другой склад оформляется документ Приходный ордер на товары. При этом с помощью отчета Ведомость по товарам к получению можно проконтролировать, какие товары "потерялись" в пути.