Можно ли сделать так, чтобы менеджер компании видел в списке только тех клиентов, с которыми он работает?

Да, это возможно. В программе предусмотрена возможность настройки прав доступа пользователей программы. То есть клиентов программы можно разделить на группы и каждому менеджеру по продажам установить права доступа по работе с определенной группой клиентов. При этом менеджер будет видеть информацию (документы, отчеты) только по своим клиентам.