Можно ли получить список тех магазинов-должников, которые еще не расплатились за проданные ими товары?

Да, для этого существует отчет Ведомость по комиссионерам, в котором можно установить фильтр по тем комиссионерам, которые просрочили ту дату оплаты, установленную в документе.