Может ли бухгалтер выбирать принцип зачета покупной стоимости товаров на УСН?

Да, в настройках учетной политики налогового учета можно указать, какие события должны произойти для включения покупной стоимости товаров в состав расходов, учитываемых при расчете налоговой базы по единому налогу. Там же устанавливается порядок включения в расходы покупной стоимости товаров и сумм НДС, предъявленного поставщиком.