Да, причем эти расходы могут быть отнесены на себестоимость товаров (документ Поступление доп.расходов"). или учтены как прочие затраты (документ Прочие затраты). Информацию о прибыли по завершенным сделкам с учетом затрат можно посмотреть в отчете Оплата продаж за период.